dando per scontato che tu abbia fatto tutto nel modo giusto, ti indico alcuni passaggi che sembrano ovvi, ma a volte sfuggono dalla routine quotidiana:

- che codec hai usato? Apple, ovviamente, suggerisce di usare sempre l'H264.
- Hai usato QuickTime per la compressione o, eventualmente Compressor?

Personalmente ho lavorato a sonorizzazione di filmati e problemi come il tuo non me ne sono mai capitati!
ciao,
AC