Ciao Siciliano,
credo che tu abbia un pò di confusione sul discorso del MIDI e credo valga la pena che tu approfondisca lo studio su di esso.

riguardo il tuo problema:
1) le sequenze MIDI vanno registrate in un sequencer. Logic o PT non fa differenza. Diverso è il discorso per MainStage che non è appropriato per questo scopo.

2) circa i collegamenti, credo che la tua MO6 con il cavo USB invii anche dati MIDI: prova ad aprire Logic, aggiungi una traccia con uno strumento virtuale qualsiasi (tranne EVB3) e suona. dovresti già sentire qualcosa. Tieni anche presente che Logic ti notifica l'arrivo dei dati MIDI nella barra di trasporto in basso. già ad occhio puoi verificare se arrivano dati o meno dalla MO6.

3) registrate le sequenze, poi, basta che esporti tutta la selezione come file MIDI (Menu File>Esporta) per poi caricarle dentro PT.

ciao,