Si, se su Logic hai lavorato a 44.1Khz, sarebbe meglio impostare anche Premiere a 44.1, così la frequenza di campionamento rimane inalterata per tutta la lavorazione e il downsample lo fa il codec di YouTube.

Il motivo per cui si utilizza il 48Khz, a parte il discorso di qualità audio maggiore, è perchè 48000 Hz è divisibile con il formato 24 fps del video e questo consente un sincronismo migliore...diciamo così senza entrare nel tecnico.
Comunque non ti preoccupare, se il video che hai montato su premiere lo vedi correttamente, non avrai problemi nemmeno a 44.1Khz.

Certo, se farai lavori per il cinema converrà che tu faccia progetti a 48 Khz.