è dall'inizio che ti dico che la chitarra è mono e dovevi usare un input mono per poi usare i plugins in stereo....comunque bene!
i plugins si possono aprire in quelle modalità perchè in funzione di cosa vuoi fare e il tipo di segnale che hai, puoi ottenere diversi scenari.

1- segnale mono > plugin mono: ad esempio una chitarra con effetti che non sfruttano la stereofonia
2- segnale mono > plugins Mono/stereo: ad esempio una chitarra dove vuoi sfruttare dei panning stereo di un dealy, oppure un riverbero stereo, oppure altri effetti di ambienza ecc..
3- segnale stereo > plugins stereo: ad esempio un synth o tastiera che vuoi effettuare rimandando in stereo.
4- segnale stereo > plugin Dual Mono: hai segnale stereo vero, cioè che il canale L è leggermente diverso di R e vuoi utilizzare i plugin come se fossero due distinti mono che lavorano rispettivamente sul canale L ed R in modo indipendente. Si usa anche nel mastering quando si deve impostare la modalità Mid/Side....ma qui si va sul complesso....

Questi miei due tutorial gratuiti possono esperti di aiuto:
https://youtu.be/mTvpCALwBis
https://youtu.be/Snh5e9UlE5Y