Ciao,
Cancellando le preferenze di Logic perdi tutte le impostazioni personalizzate che avevi scelto nei Settings, non i preset dei Channel strip...quelli sono salvati proprio come preset in altre cartelle.
Dopo aver cancellato la preferenze ad esempio dovrai riattivare le funzioni Advanced (Settings>Advanced)...se utilizzati 3 tool box anziché 2 dovrai re-impostarlo ecc...

Meglio copiare da qualche parte il vecchio file di preferenze perchè così rimettendolo al suo posto tutto torna come prima eventualmente.